OPSEL 2.0 - en programvara för optimalt urval i skogsträdsförädlingen

Artikeln är en sammanfattning av Arbetsrapport 954-2017.

Skogsträdförädlare måste ofta beakta bevarandet av genetisk diversitet och samtidigt maximera selektionsvinsten. Vid urval av kloner till en förädlingspopulation måste förädlaren välja metoder som både stödjer snabba förädlingsframsteg och lämnar utrymme för framtida genetiska förbättringar i kommande generationer. För en köpare av plantagefrö gäller det att maximera värdeproduktionen på odlingslokalen samtidigt som hänsyn måste tas till genetisk diversitet i den etablerade föryngringen.

Vid ett optimalt urval undviks inte släktskap mellan utvalda träd helt och hållet, utan den genetiska vinsten kommer snarare att maximeras givet en fastställd begränsning vad gäller tillåtet genomsnittligt släktskap mellan utvalda träd. I denna rapport presenteras uppdaterad dokumentation för hjälpverktyget ”OPSEL”, som kan användas i förädlingsarbetet både vid urval av träd till förädlingspopulationer och till fröplantager. Även om urvalen till förädlingspopulationer och fröplantager verkar likvärdiga, kräver de i realiteten olika angreppssätt vid formulering av funktionen som skall optimeras och hur
lösningen skall uppnås. I denna nya version av OPSEL kvarstår användandet av Mixed Integer Linear Programming vid optimering av urval med likvärdigt genotypbidrag. För urvalssituationer med  obalanserat genotypbidrag har vi istället introducerat Second 
Order Cone Programming, vars algoritm genomför optimeringsberäkningen betydligt snabbare jämfört med tidigare samt genererar en pseudo-exakt heltalslösning, en nödvändighet vid planering av korsningsarbete med obalanserat urval.

OPSEL och dess stödjande program är fritt tillgängliga från Skogforsk för icke-kommersiella ändamål (på villkor fastställda under ”GNU General Public License”). Rapporten är tänkt som en vägledning vid installation av programvaran, preparering av indata samt programstyrning och resultattolkning.

Läs rapporten i sin helhet nedan.